PMD

Title: methy_Haplo Date: 2019-03-01 Category: methyl Tags: methyl, PMD Author: shaohuaihan Summary:

程序功能及原理说明

基于bisulfite测序比对数据（已去除duplicate和unmap数据），借助HMM模型在全基因组范围内寻找 partially methylated domains (PMD）。

为了确定是否存在PMDs，首先计算一个所选择的染色体的α-value分布，α是滑动窗口（包含100个连续的CpGs）的甲基化水平的分布。α-value小于1则反映出一个散射的分布，偏向低和高甲基化水平分布；大于等于1时分布均匀，倾向于中间甲基化水平分布状态，即PMDs。

PMDs的寻找可以使用R包MethylSeekR实现。

程序使用说明

$python  generate_PMD.py -h
usage: generate_PMD.py [-h] -d DIR -m METHY -s SNV -c CHR -g GENOME -de DEPTH

generate PMD R script

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -d DIR, --dir DIR     work dir    工作路径
  -m METHY, --methy METHY           DNA甲基化CX_report文件
                        methyl file
  -s SNV, --snv SNV     snv file    SNP文件，用于过滤SNP-cytosine冲突结果
  -c CHR, --chr CHR     chr name    所分析的染色体名称
  -g GENOME, --genome GENOME        参考基因组版本
                        genome version
  -de DEPTH, --depth DEPTH          cytosine的深度
                        depth

其中：
-g 参数为内置的基因组版本信息（下述文件最后一列），对应关系如下： 
#ID latin   genome_version
BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10   Drerio  danRer10
BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5    Hsapiens    hs37d5
BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38   Hsapiens    GRCh38
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 Hsapiens    hg19
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 Hsapiens    hg38
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10    Mmusculus   mm10

参数说明

  -d    工作路径

  -m    DNA甲基化CX_report文件，gz压缩格式

  -s    SNP文件，用于过滤SNP-cytosine冲突结果

  -c    所分析的染色体名称

  -g    参考基因组版本，见genome.ini

  -de   cytosine的筛选深度，默认5x

使用示例

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/glibc-2.14/lib:$LD_LIBRARY_PATH

python generate_PMD.py -d $PWD -m test.CX_report.txt.gz -s snv.txt -c chr10 -g hg19 -de 5

Resource

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/MethylSeekR/inst/doc/MethylSeekR.pdf